2、发酵：可以分为两个阶段:第一，预发酵，这可以在露天或在发酵装置中进行。通过翻转强制通风向堆积层或发酵装置内供氧，以秸秆为主体添加畜禽粪便。好氧堆肥的主要发酵周期约为3-10天。二是后发酵，将主发酵后的半成品送至后发酵工序，将主发酵工序中未分解的易分解有机物和难分解有机物进一步分解成稳定的腐殖酸、氨基酸等有机物，得到完全分解的有机肥产品，后发酵时间通常在20-30天以上。

　　3、后发酵处理：可根据需要进一步干燥、粉碎，使之成为合格的有机肥原料。

　　4、储存：堆肥一般在春季和秋季使用，必须储存在夏冬。储存方法可直接堆放在发酵罐中或装袋，且需干燥、透气。